Koordinátor “Basque Quantum” (BasQ) iniciativy zaměřené na vývoj kvantových technologií.
Výzkumná skupina Javiera Aizpuruy se věnuje novým aspektům nanooptiky se zvláštním důrazem na kvantové efekty v optické odezvě molekulárních zářičů v nanoanténách. Vyvinul mj. teorii excitace povrchových plazmonů ve STEM, STM, SERS, SEIRA nebo s-SNOM.